A assinatura pelo então presidente da República Fernando Henrique Cardoso da lei de criação da Universidade Federal de Itajubá (UNIFEI), em 24 de abril de 2002, era a concretização de um sonho acalentado desde 1993, durante a gestão do professor Fredmark Gonçalves Leão, que teve continuidade na gestão do professor José Carlos Goulart de Siqueira, o qual, mais tarde, em abril de 2002, se tornaria o primeiro reitor da UNIFEI.
O projeto enviado ao Governo Federal em 1998 era resultado de um programa de reestruturação envolvendo toda a Instituição, que tinha por objetivo otimizar os recursos materiais e humanos da então Escola Federal de Engenharia de Itajubá (EFEI), para atender demandas do mercado de trabalho.
No entanto, o projeto não teve resposta imediata, e foram necessários vários meses de novos contatos em Brasília - DF e o apoio de empresários e autoridades públicas. Segundo o professor Goulart, foi fundamental, para o bom desenlace do processo em 2002, a intervenção do respeitado empresário paulista, Antônio Ermírio de Moraes, do Grupo Votorantim.
Em 2004, assumiu a Reitoria da UNIFEI o professor Renato de Aquino Faria Nunes, tendo como vice-reitor o professor Paulo Shigueme Ide, os quais foram reeleitos até 2012. De 2013 a 2016 e de 2017 a 2020, assumiu a Reitoria o professor Dagoberto Alves de Almeida. E, atualmente, o reitor é o professor Edson da Costa Bortoni.
